寮生活
独立学園は全寮制の学校であり、学校教育と寮教育は不可分だと考えています。 そのため寮生活の指導には、学校全体で力を入れています。
寮生活の目標
寮という共同生活では、一つ一つのことに意識と自覚を持ち、自分でできることは自分で行い、 周りの人のことも常に考えながら生活することが求められます。 本校では、そのような生活を通して独立の精神を学び養うことを目指しています。
男子寮、女子寮それぞれ２名のリーダー（生徒）と舎監（職員）で寮の運営をしていきます。
また、毎朝・夕の礼拝、自然の中での労働、そして友人との交わりを通して、 神様の前で謙虚に真実に生きる者となることを目標としています。 そして、卒業後も聖書の教えに従って生き、 質素で高尚なものを求める者となることを願っています。
寮のきまり
共同生活ですから守らなければならないルールがあります。以下はその一部です。
服装
流行にとらわれることなく、できるだけ地味で落ち着いたものを着用します。 特に、女性は襟首が大きく開いたものや背中が露出するようなズボンやシャツは避け、 肌があまり見えない衣服を着用します。
学校で決めた制服はありませんが、学校の公式行事の時と日曜礼拝の時には その場にふさわしい服装（中学の時の制服など）を着用します。
頭髪については、質素、清潔をモットーとし、生活に支障がないように考えた上で、 他人に不快感を与えないように自己管理します。 男女ともパーマ、染（脱）色、ピアスの着用は禁止です。 また、ドライヤー類、整髪料の持ち込みも禁止です。
持ち物
質素倹約を原則としています。
音楽プレーヤー、ラジオ、楽器などの持ち込みは許可制です。
賭博性のゲーム、コンピュターゲーム、 携帯電話（スマートフォン）の持ち込みは禁止しています。
なお、アンプを通してのエレキギターの演奏はしないことにしています。
本
ノーブル（高尚）なものを求めるため、マンガ、雑誌の持ち込みは禁止しています。
その他
規則ではありませんが、環境や人体に害のある合成洗剤、歯みがき、 シャンプーなどはなるべく使わないようにしています。
施設
男子寮一棟（新まこと寮）と女子寮二棟（コスモス寮、新平和寮）があります。
原則として二人一部屋で生活をし、他学年の生徒と同室になります。
居室は、およそ六畳の部屋に二段ベットと机があるのが標準です。
年に三回部屋替えがあり、同室者が替わります。
帰省・離校
寮生活と学校生活を大事にしているため、春・夏・冬の長期休暇以外は原則的に帰省できません。 日曜日やゴールデンウィークなども、学園内で生活します。